Las universidades nacionales se declaran excluidas de los alcances de esa disposición. Hubo total oposición al decreto del Poder Ejecutivo Nacional 365 por el que se creó esta base que pretende incluir la información salarial y de recursos humanos del personal que presta servicios en las entidades y jurisdicciones del sector público nacional. 
El Consejo Superior de la Universidad Nacional de Río Cuarto votó por unanimidad respaldar la resolución del Consejo Interuniversitario Nacional (CIN) por la que se declara que no resulta de aplicación a las universidades nacionales el decreto del Poder Ejecutivo Nacional 365, por el que se crea la base integrada de información de empleo público y salarios en el sector público nacional, como plan integral de administración de información salarial y de recursos humanos del personal que presta servicios en las entidades y jurisdicciones del sector público nacional.
El Consejo que reúne a los rectores considera que las universidades nacionales se encuentran exentas del ámbito de aplicación y fuera del alcance del Poder Ejecutivo Nacional. Y defiende de manera contundente la autonomía universitaria, a la vez que señala en su dictamen jurídico que la tutela de las universidades nacionales corresponde exclusivamente al Congreso Nacional, esto es el Poder Legislativo.
El decreto del Poder Ejecutivo establece la obligatoriedad de informar sobre una serie de antecedentes del personal que se desempeña en el sector público nacional.
La citada norma resulta de aplicación a las entidades comprendidas en el inciso a y b  del artículo 8 de la Ley de Administración Financiera y de los Sistemas de Control del Sector Público Nacional. Allí se establece que el sector público nacional está integrado por la Administración Nacional, conformada por la administración central y los organismos descentralizados, comprendiendo en estos últimos a las instituciones de seguridad social; y las empresas y sociedades del estado que abarca a las empresas del estado, las sociedades del estado, las sociedades anónimas con participación estatal mayoritaria, las sociedades de economía mixta y todas aquellas otras organizaciones empresariales donde el estado nacional tenga participación mayoritaria en el capital o en la formación de las decisiones societarias.
En su resolución, el CIN considera que las universidades registran un status jurídico especial en el esquema estatal argentino, puesto que adquirieron por ley los principios de gratuidad y equidad y los de autonomía y autarquía.
También se indica que la doctrina emanada de la Procuración del Tesoro de la Nación y la jurisprudencia de la Corte Suprema en todas las causas sometidas a su examen se ha concluido que las universidades nacionales se encuentran exentas del ámbito de aplicación y fuera del alcance del Poder Ejecutivo Nacional.
Este cuerpo colegiado que reúne a los rectores de todas las universidades nacionales, considera “pertinente delimitar el ámbito de aplicación del Decreto Nº 365/17 a la autonomía universitaria, que fije una postura clara por parte de las universidades nacionales ante eventuales futuros avances que impliquen menoscabar dicha autonomía”.
En el dictamen jurídico que hizo el CIN, se indica que el artículo 48 de la Ley de Educación Superior “delimita claramente que se trata de personas jurídicas de derecho público, creadas por el Congreso y, de ahí, no se subordinan al Poder Ejecutivo Nacional por no existir relación alguna con éste que no sea de carácter reglamentario o de girar los fondos aprobados por el presupuesto nacional”.
Y se remarca que “son entes públicos no estatales; no integran la Administración Nacional; no constituyen una organización estatal no empresarial, con autarquía financiera, personería jurídica y patrimonio propio, donde el Estado Nacional tenga el control mayoritario del patrimonio o de la formación de las decisiones; no están incluidas entre las entidades públicas no estatales donde el Estado Nacional tenga el control de las decisiones en la medida que las universidades nacionales se dan sus propias instituciones y se rigen por ellas y manejan su presupuesto en base a los aportes del Tesoro Nacional (autarquía) con control indirecto ex post del Poder Legislativo, a través de la Auditoría General de la Nación y no existe principio de jerarquía alguno con el Poder Ejecutivo Nacional”.
“… no cabe la intervención reglamentaria, ni propia del Poder Ejecutivo Nacional, menos cuando la misma se inmiscuye deliberadamente en el ámbito de reserva de las universidades nacionales, afecta su autonomía e interviene en su autarquía. Con tales asertos sería suficiente descartar la aplicación del Decreto 365/2017”, se señala en el dictamen jurídico del CIN.
En ese documento se subraya que “el nuevo status jurídico de las universidades nacionales las posiciona institucionalmente en un lugar que se halla exento del control del Poder central”.

Resolución del CIN

El Comité Ejecutivo del Consejo Interuniversitario Nacional resolvió: “Declarar que el Decreto Nº 365/17 no resulta de aplicación a las universidades nacionales”. Y “Comunicar a todas las universidades la presente declaración con el acompañamiento del dictamen jurídico elaborado, a los fines de unificar criterios de interpretación respecto de la exclusión del alcance del Decreto Nº 365/17, para constar que, conforme a la autonomía consagrada constitucional, legal y reglamentariamente para las universidades nacionales, tales clases de normas son de exclusivo ámbito del PEN”.